Для Игоря Берестова, главного героя «Навигатора», реальность становится настоящим кошмаром. Его новая жизнь начинается на пригородном шоссе, где он приходит в себя и осознаёт, что потерял память о прошлом. Вскоре он оказывается в центре расследования серийных убийств, связанных с маньяком по прозвищу Ювелир, который убивает молодых женщин и оставляет жемчужины в их ртах. Когда Берестов обнаруживает тело одной из жертв в лесу, прикосновение к девушке открывает ему шокирующие видения преступления, заставляя его понять, что он не виновен. Эти видения — не воспоминания, а уникальная способность видеть суть происходящего, которую он получил с амнезией.

Постепенно Игорь осваивает свои сверхспособности, позволяющие ему «заглядывать» в прошлое и будущее, а также изменять молекулы материалов. В процессе он вспоминает о своей семье — жене и сыне, которым угрожает опасность. Начав поиски, он не догадывается, что сам находится под наблюдением. Люди, следящие за ним, называют его Навигатором и считают результатом эксперимента, который требует восстановления его способностей. Для наблюдателей важно, чтобы Навигатор сначала привёл их к его семье, прежде чем они смогут использовать его полную мощь.