Автоботы, уверенные в том, что угроза миновала, оставляют на Земле небольшую группу защитников под командованием Оптимуса Прайма. Однако их осторожность оказывается оправданной: спустя три года Мегатрон возвращается, вооружённый Тёмным Энергоном, с намерением отомстить за своё предыдущее поражение.

Снова вынужденные сражаться, автоботы объединяются с несколькими подростками с Земли. Теперь эта команда, состоящая из роботов и людей, сражается за защиту планеты от атак десептиконов, готовых разрушить всё на своём пути.