Скуби-Ду неожиданно оказывается вовлечённым в захватывающую историю, когда Шэгги получает наследство от своего дяди Альберта, выдающегося изобретателя, который теперь скрывается от коварного доктора Фибса. Переехав в Шейглфорд Мэнор, где их ждёт неуклюжий робот-дворецкий Роби, команде предстоит раскрыть замыслы неуклюжих шпионов Фибса. Чтобы предотвратить экологическую катастрофу, Шэгги использует новую волшебную машину и отправляется в Швейцарию, в то время как его друзья пытаются справиться с хаосом в загородном клубе, где шпионят за злодеями и устраивают настоящую кулинарную битву.

В финале их ждёт возвращение домой, где запланирована вечеринка, но злой робот Фибса по имени А.Р.Т. угрожает её срыву. Доктор Финис Фибс запускает вирус, чтобы подорвать национальную безопасность, однако Шэгги и Скуби-Ду вовремя его останавливают. Финис также планирует ударить по Земле электрошоком из космоса, но наши герои маскируются под пришельцев, чтобы разрушить его планы. Вдобавок, Чад Чаддингтон, величайший детектив, ставит под сомнение способности Скуби и Шэгги, если они не смогут разгадать «Загадку исчезновения детективов».