Сериал «Мутанты Икс» рассказывает о судьбах людей, обладающих мутациями, которые стали изгоями из-за секретных экспериментов в области генной инженерии. Эти научные исследования, проводимые по указанию правительства, даруют им необычные способности, но в итоге приводят к угрозе их существованию.

Понимая, что ситуация выходит из-под контроля, организация, создавшая мутантов, решает избавиться от них. Один из ученых, Адам, который участвовал в разработке программы, принимает решение помочь этим «детьям». Он формирует группу из четырех мутантов, известную как «Мутанты Икс», с целью найти соплеменников, обучить их управлению своими уникальными способностями и защитить от преследований со стороны своих создателей, в частности, от Мейсона Экхарта, коллеги Адама.