Сериал повествует о четырех черепашках-ниндзя, которые после мутации стали мастерами боевых искусств и борцами за справедливость. Сюжет стартует с того, что мудрый наставник черепашек, господин Чанг, стремится остановить злодея Лорда Дракона, используя силу своих учеников. Однако, внезапно он заболевает и передает своей дочери Винес задачу собрать черепашек, чтобы они объединили усилия против врага, спасли их друга Сплинтера и защитили человечество.

Винес находит черепашек, делится с ними своими приключениями и предлагает обучение в Королевстве Мечты. Команда успешно находит Сплинтера, но по возвращении сталкивается с Лордом Драконом и его армией. Смогут ли черепашки противостоять этой угрозе, или человечество окажется под угрозой из-за злодеяний Лорда Дракона?