Сюжет сериала разворачивается в период с 2369 по 2375 годы на космической станции «Глубокий Космос 9», расположенной на орбите недавно освобожденной от Кардассианской Империи планеты Бэйджор. В результате случайной находки вблизи станции обнаруживается пространственная аномалия — коридор, который соединяет Бэйджор с Гамма-квадрантом галактики. Это открытие кардинально меняет статус «Глубокого Космоса 9», превращая его из незначительного объекта в важный торговый узел.

Вскоре через аномалию на орбиту Бэйджора вторгаются силы нового противника — Доминиона. Станция под командованием капитана Бенджамина Сиско оказывается на передовой военных действий, становясь ключевым стратегическим пунктом для войск Федерации и её союзников.