Фильм «Аптекарь Мельхиор и Призрак колодца» является экранизацией второго романа трилогии Индрека Харгла о Мельхиоре Вакенстеде. Действие разворачивается в Таллине начала XV века, где аптекарь расследует серию загадочных преступлений. Ночной сторож, напуганный призраком дочери купца Доротеи, обнаруживает, что утром на высокой башне убит охранник, а другие жители города становятся жертвами странных несчастных случаев.

В этом средневековом детективе Мельхиор сталкивается с различными персонажами — от блудницы и священника до иностранного художника и еретика. Его поиски приводят к монастырю Пирита, скрывающему опасные тайны. Параллельно ему не дает покоя вопрос о внезапном разрыве помолвки с возлюбленной Кетерлин, что добавляет личную драму в его расследование.