В последние дни Второй мировой войны пилот-камикадзе Коити Сикисима совершил посадку на острове Одо, где находилась ремонтная база японской императорской армии. В ту же ночь на него и его товарищей напал гигантский ящер, известный местным жителям как Годзилла.

Вернувшись в разрушенный Токио, где погибли его родители, Коити пытается начать новую жизнь среди руин. К нему присоединяется девушка, также потерявшая семью, с младенцем, которого она спасла во время бомбежки. Со временем жизнь начинает налаживаться: Коити работает в команде по разминированию в Токийском заливе. Однако однажды их хрупкий деревянный катер сталкивается с Годзиллой, который после ядерных испытаний на атолле Бикини стал ещё более опасным и мощным.